Кам’янець-Подільський НВК №3 започаткував свою діяльність у 1959 році як школа-інтернат №1. Директором був призначений Каспрук В.М. Діти навчалися лише до восьмого класу. Школа-інтернат №1 проіснувала до 1993 року.
На підставі рішення Хмельницької обласної державної адміністрації № 12 від 15.03.1993 р. та рішення ХУ сесії Кам’янець-Подільської міської Ради народних депутатів від 14.06.1993 р. створено Кам’янець-Подільський спеціалізований ліцей-інтернат поглибленої підготовки учнів у галузі науки. Контингент ліцею-інтернату складали обдаровані та здібні учні загальноосвітніх шкіл і міст Хмельницької області. Навчально-виховна робота педагогічного колективу спрямовувалася на виконання програми “Сільська школа”, на плідну реалізацію проблеми відбору та навчання учнів на основі профілізації, на формування конкурентноздатної особистості, яка б змогла реалізувати себе в нових соціально-економічних умовах. У закладі були профілі: фізико-математичний, філологічний, хіміко-біологічний, початкові класи з біологією і дефектологія з основами психології. Кожному був притаманний свій зміст профільного і загальноосвітнього блоків навчальних дисциплін. На розвиток творчої особистості ліцеїста були спрямовані навчальний процес, позаурочна діяльність, науково-дослідницька робота. Поглиблення і розширення знань з профільних предметів досягається у результаті вивчення спеціальних курсів, факультативів, курсів за вибором, роботі у гуртках.
Біля витоків заснування ліцею-інтернату стояли справжні патріоти, професіонали, люди, не байдужі до майбутнього України, яка розпочала свій державницький поступ як європейська країна. Колектив очолював директор Павлюк Микола Володимирович, більшість педагогів мали вищу та першу кваліфікаційну категорії. Це – Христофор І.М., Касапчук Я.М., Сафроняк В.О., Кушнір В.Д. та інші. Спецкурси та наукову роботу вели 17 представників професорсько-викладацького складу педінституту: професор Нечитайло В.В., доценти Сорич Н.М., Чопик Я.М., Опря А.В., Кудрявцев М.Г., Суровий А.Ф., Криськов А.П.
Значних зусиль до справи формування навчального закладу нового типу на Поділлі доклали Начальник обласного управління освіти і науки Микола Миколайович Дарманський, згодом Володимир Діонісович Красіцький та його заступник Світлана Миколаївна Бобровнік.
За 18 років існування ліцею, що входить до складу НВК №3, середню освіту здобули більше 1000 учнів міст і сіл Хмельницької області.
Кам’янець-Подільський навчально-виховний комплекс № 3 у складі загальноосвітньої школи І-ІІІ ступенів та ліцею Хмельницької області створений відповідно до рішення п’ятдесят восьмої сесії Кам’янець-Подільської міської ради V скликання “Про створення Кам’янець-Подільського НВК №3 у складі загальноосвітньої школи І-ІІІ ступенів та ліцею” від 28 травня 2010 року №47 та знаходиться у комунальній власності територіальної громади м. Кам’янця-Подільського. З 04.08.2022 року рішенням двадцятої сесії VIII скликання Кам’янець-Подільської міської ради № 67/20 «Про зміну назви закладів загальної середньої освіти» змінено назву на ліцей №3. Засновником навчального закладу є Кам'янець-Подільська міська рада, яка здійснює фінансування, матеріально – технічне забезпечення, надає необхідні будівлі, інженерні комунікації, обладнання, організовує будівництво та ремонт приміщень, господарське обслуговування, харчування учнів.
Кількість учителів: 86
Кількість учнів: 829 (та 59 учнів 10-11 класів вечірньої форми навчання)
Кількість обслуговуючого персоналу: 22.
Педагогічний колектив ліцею №3 спрямовує свою діяльність на всебічний розвиток особистості школярів шляхом розкриття потенціальних здібностей та обдарувань кожного учня; визнання кожної дитини, як суб’єкта діяльності, що має свою певну місію збереження здоров’я учнів; багатоваріантність, гнучкість форм організації різних видів діяльності; перехід від групових до індивідуальних форм взаємодії; формування інформаційної культури школярів; спільність дій школи, сім’ї та громадськості в ім’я майбутнього дитини.
Ліцей №3 працює за моделлю - «Школа розвитку і культури» і реалізовує проєкти «Освіта для сталого розвитку», «Різні можливості – рівні права» (навчання та виховання дітей з особливими освітніми потребами) та «Громадсько-активна школа».
Реалізовуючи проєкт «Різні можливості – рівні права», щодо підтримки та розвитку дітей з особливими освітніми потребами, команда психолого-педагогічного супроводу ліцею №3 розробляє сучасні науково-методичні комплекси, використовує різнорівневі бази даних, науково-методичного консультування.
Колектив ліцею №3 успішно працює у пілотному проєкті в рамках дослідно-експериментальної роботи всеукраїнського рівня щодо впровадження проєкту Державного стандарту початкової загальної освіти в контексті Концепції Нової української школи. Кропітка і творча праця у проєкті здійснюється щодня: викладання предметів у пілотних класах з розумним поєднанням контролюючих та інструктивно-методичних функцій, тренінги для вчителів міста, участь у науково-практичних конференціях, розміщення власних методичних та дидактичних розробок і навчальних матеріалів на рубрикаторі «Всеукраїнський експеримент: розроблення і впровадження навчально-методичного забезпечення початкової освіти в умовах реалізації нового Державного стандарту початкової загальної середньої освіти». Ліцей №3 - активний учасник проекту «Освіта для стійкого розвитку в дії». У початкових класах та середній школі викладається курс «Уроки для стійкого розвитку». Популяризуємо ідеї сталого розвитку серед учнів та батьків ліцею №3, виховуємо свідомих громадян майбутнього, які розумно використовуватимуть будь-які ресурси. Основою проекту ліцею №3 «Громадсько-активна школа» є концепція громадсько-орієнтованої освіти.